توجه الحسين عليه السلام إلى العراق ولما بلغ الخبرُ يزيدًا ولّى عبيدَ الله بن زياد على العراق وأمره بمقابلة وقتال الحسين ، فدخل ابن زياد الكوفة وقتل مسلم بن عقيل وأرسل جيشًا لملاقاة الحسين وأمّر عليهم عمرَ بن سعد . وكان الحسين وصل مع أصحابه إلى كربلاء فلم يجد أحدًا من أهل العراق ممن كاتبه .
ولما أصبح الصباح وكان يومَ عاشوراء المحرم تهيأ عمرُ بن سعد ومن معه ، وتهيأ الحسين ومن معه وكانوا اثنين وثلاثين فارسًا وأربعين راجلاً .
والتحم القتال فانهزم أصحاب الحسين وقُتل أكثرُهم وفيهم بضعة عشر شابًا من أهل بيته . واشتدت الحرب وهو رضي الله عنه يدافع عن يمينه وشماله حتى ضربه زرعة بن شريك على يده اليسرى وضربه ءاخر على عاتقه وطعنه سنان بن أنس بالرمح فوقع على الأرض ، ونزل إليه شمر فأخذ رأسه وسلمه إلى خول الأصبحي .
ووجد بالحسين عليه السلام حين قُتل ثلاث وثلاثون طعنة وأربع وثلاثون ضربة رضي الله عنه .

وكان عمر الحسين يوم قتل ستا وخمسين سنة وكان استشهاده يوم الجمعة في العاشر من محرم سنة إحدى وستين من الهجرة الشريفة فأخذوا رأس الحسين ورؤوس أصحابه ( وكان يرى بعض الناس نورا ساطعا من رأس الحُسين الى السماء وطيورا بيضاء ترفرف حوله ) إلى ابن زياد ثم حملهم الى يزيد بن معاوية فلما وضع رأس الحسين بين يدي يزيد ، يقال انه جعل ينكت بقضيب كان في يده في ثغره فقال له أبو بَرزة الأسْلَمي : والذي لا اله إلا هو لقد رأيت شفتي رسول الله على هاتين الشفتين يقبلهما ألا إن هذا سيجيء يوم القيامة وشفيعه محمد وشفيعك ابن زياد ، ثم قام من مجلسه وانصرف. أما بقية أهل الحسين ونسائه ومعهم زين العابدين علي بن الحسين  فحملهم ابن زياد الى يزيد كذلك وبقوا هناك فترة ثم أوصلهم الى المدينة المنورة  .  ووضع رأس الحسين في دمشق فترة وقيل ثم نقل الى القاهرة وقيل غير ذلك ، وأما جسده الشريف فدُفنَ في كربلاء .

ونتذكر في هذه المصيبة ما رواه علي بن الحسين عن جده رسول الله انه قال : ” ما من مسلم يصاب بمصيبة فيتذكرها وان تقادم عهدها فيُحدِثُ لها استرجاعا إلا أعطاه الله من الأجر مثل يوم أصيب منها ” رواه الإمام احمد وابن ماجه .